1、酒精度不同
酒精度，表示酒中乙醇的体积与酒体积的比化为的百分数，也就是说，53度飞天茅台酒100毫升里含有53毫升乙醇，而43度飞天茅台酒100毫升里含有43毫升乙醇。
2、口味不同
根据GBT26760-2011酱香酒白酒标准，优级53度飞天茅台酒特点为，酱香突出，香气幽雅，空杯留香持久，酒体醇厚，丰满，协调，回味悠长；
优级43度飞天茅台酒特点为，酱香较突出，香气较优雅，空杯留香久，酒体醇和，协调，味长。
简单来说就是，53度飞天茅台酒比43度的酱香更浓，更持久，酒体更醇厚，更丰满，回味更长。
造成口味差异的主要原因是，43度飞天茅台酒制作过程中，多了降度、除杂等工艺。降度、除杂的工艺，会减少许多原本茅台酒中的风味物质，从而影响茅台酒的口味。
3、收藏价值不同
53度的飞天茅台酒更适合收藏。首先，在长期的储存中，43度飞天茅台酒与53度飞天茅台酒相比，更容易出现跑酒现象。
有研究表明，酒精和水混合的时候，53.94ml的酒精加上49.83ml的水，加起来体积本来应该是103.77ml，但是实际上刚好是100ml，总体积减少3.77ml。这个实验表明，白酒在53度左右时，水分子和酒精分子缔合得紧密，状态稳定。
其次，在长期的储存中，53度飞天茅台酒会发生醇化过程，产生多种酯类物质，这些酯类会产生各种特殊的香气。
而43度飞天茅台酒在存放一段时间后，会出现醇、酸、酯等物质水解，表现为口味寡淡的现象。
上面三点，就是53度飞天茅台酒和43度飞天茅台酒的主要区别。另外，由于上面三点不同，导致这两种茅台酒消费群体不同，知名度不同，价格相差大。