第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。第三池：主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
化粪池清理方法是先用吸粪车吸出表层液体，再用高压水冲洗，待气味发散一会儿后，才能下人清理淤积物，化粪池长期不清理，其中积存的沼气让化粪池变成了一个隐形“炸弹”。
化粪池泛指由人类建造人类（或其他特指生物，如家畜）进行生理排泄和放置（处理）排泄物的地方。具有围护结构、便器和贮粪设施，供人们大小便用的卫生设施。有墙、有顶，厕坑及储粪池无渗漏，储粪池有盖，厕室清洁，无蝇蛆，基本无臭味，粪便及时清除。具有无害化处理设施的卫生厕所称无害化卫生厕所。
人工清理要先用铁钩打开化粪池的盖板，然后搅散化粪池内杂物结块层，进行人工清掏。设备清理准备与化粪池容积相同的吸粪车，将吸粪管放到化粪池的内部然后启动开关，内部的化粪结块基本上完全被吸完，然后使用水管清洗化粪池内部，排出多余的污水，再清洗化粪池的设备以及工具，盖好盖板，井内无积物浮在上面保持出入口畅通，污水不会溢出地面，清理化粪池的工作就完成了